Uma das versões é de que o nome do município deve-se à sua localização próxima à foz do rio Quaraí (que deságua no rio Uruguai), formando o que se chama de barra do rio.
Em termos toponímicos, temos a seguinte informação: Quaraí: diminutivo de QUARA (o buraco, a cova, o esconderijo, o refúgio); variante de COARA, o buraquinho, a covinha, pequeno esconderijo; Cuareim: o mesmo que Guaray ou Guaraey, relativo a Guará Tribu, parcialmente de ÿ, água, tribo que habitava as margens do rio.
Tudo em língua tupi-guarani. Outra versão diz que o nome do município é de origem indígena: "Quaraí", rio dos Guarás e dos buracos (Barra do rio Quaraí com o rio Uruguai).


Fonte: cnm.org.br