O território do município de Juara foi movimentado por ocasião da Navegação Paranista ou Carreira do Pará, que iniciou-se no começo do século XIX. Quando os primeiros homens brancos chegaram ao território do atual município de Juara, povos indígenas kayabí dominavam toda a região, que era muito disputada por povos de outras nações indígenas. O principal motivo dos desajustes entre o gentio era a excelência do clima e qualidade do solo. Porém um dos maiores atrativos era a riqueza em taquara e pedra silex, matéria prima para fabricação de flexas, lanças e machados. Que serviam tanto para afazeres domésticos, agricultura, caça e quanto para fins bélicos. Ao longo dos séculos a região foi movimentada por diversas incursões de brancos às terras dos kayabís. Notável foi o período da Terceira Borracha, a partir da década de quarenta, que devassou seringais às margens do Rio Arinos. Os indícios dos tempos modernos na região de Juara tiveram como referência a cidade de Porto dos Gaúchos.
No dia de 8 de outubro de 1971, Zé Paraná e mais um grupo de pessoas, partiu das margens do Ribeirão Caracol, chegando ao Córrego Água Boa, ponto inicial da colonização. O primeiro nome dado à localidade foi Gleba Taquaral, mais tarde passou à Juara. Há certa controvérsia em relação ao topônimo Juara. Uma das versões é de que sua origem vem da língua tupi, significando "moça bonita", sendo a mais bem aceita. A outra versão é atribuída Juruena e Arinos, numa referência geográfica e formado a palavra "Juarinos", mais tarde simplificado para Juara. Em maio de 1972, começaram a chegar as primeiras famílias a Taquaral: de Manoel Ribeiro dos Santos, Noel Paulino, Erneto Cecílio dos Santos e outros.
A 8 de julho de 1973 foi colocado o primeiro marco da sede, época já tinham chegado à região cerca de 38 famílias, plantando arroz, milho e feijão.
Nesse tempo, em período de chuvas, as viagem eram feitas pelo Rio Arinos, sendo que os produtos comestíveis e farmacêuticos vinham de Cuiabá. No período de seca a viagem era feita por um caminho diferente do atual. O antigo traçado desviava do atual município de Tapurah e passava pela célebre "Baiana", na estrada da mata. Esta via, conhecida por Estrada da Baiana, encurtaria, mais tarde, a distancia entre Juara e Cuiabá. A baiana, uma mulher que habitada a região e que deu nome a esta estrada, certo dia foi atacada pelos índios do povo kayabí, pois estes estavam desesperados com a invasão de suas terras. Mas a baiana superou a crise e os índios fizeram as pazes. Mais tarde esta mulher, apelidada foi assassinada por um aventureiro.
Em 1973, padre Gunter Kroemer celebrou a primeira missa em Taquaral, no meio da selva, onde a luz provinha de velas acesas em cima de árvores. Em setembro do mesmo ano foi construída a primeira capela, tendo São José por orago. A primeira pista de pouso de avião passou a ser, mais tarde, uma das avenidas da cidade de Juara. O aeroporto, com maior capacidade de pouso e decolagem foi construído posteriormente.
Em 25 de julho de 1974, D. Henrique Froehlich, bispo prelado de Diamantino, celebrou solenemente uma missa em Taquaral. Ocorria então um crescimento explosivo. O fluxo migratório foi intenso, passando então Taquaral a chamar-se Juara.
A Lei Estadual n.º 3.735, de 4 de julho de 1976, criou o distrito de Juara, com território jurisdicionado ao município de Porto dos Gaúchos.
O Decreto Legislativo n.º 2.637, de 11 de maio de 1970, abriu o processo de plebiscito para se saber a vontade do povo a respeito da emancipação política de Juara.
A Lei Estadual n.º 4.349, de 23 de setembro de 1981, de autoria do deputado Osvaldo Roberto Sobrinho, criou o município:
"Artigo 1º - Fica criado o município de Juara, com sede na localidade do mesmo nome, cuja área é desmembrada do município de Porto dos Gaúchos.
Artigo 2º - O município criado tem somente um distrito, o da Sede.
Artigo 3º - Vetado..."
O Artigo n.º 3, impedia a eleição municipal imediata. A Assembléia Legislativa acatou o "veto" do governador Frederico Campos. No entanto, as eleições não demoraram a acontecer. O primeiro prefeito municipal foi o Sr. José Pedro Dias - o Zé Paraná, nomeado pelo governador. A instalação oficial foi no dia 14 de dezembro de 1981, premiando o esforço do benemérito fundador de Juara. A primeira eleição municipal realizada em Juara foi a 15 de novembro de 1982. Nesta ocasião foi eleito prefeito municipal o Sr. José Geraldo Riva, que teve carreira política de sucesso.
A comarca foi criada através da Lei Estadual n.º 4.060, de 4 de julho de 1985 e solenemente instalada em 29 de novembro de 1986.